Ekosystemy obszarów Natura 2000 są bardzo zróżnicowane, obszary te wyznacza się bowiem w obrębie wszystkich głównych typów siedlisk przyrodniczych występujących w Europie oraz w najważniejszych miejscach występowania wszystkich gatunków roślin i zwierząt uznanych za gatunki specjalnej troski na terenie Unii Europejskiej, a więc rzadkich i zagrożonych oraz charakterystycznych dla określonych typów ekosystemów. Tak duże zróżnicowanie przedmiotów ochrony powoduje, że bardzo różna jest także ich wrażliwość i podatność na niekorzystne oddziaływania.
Jak wspomniano we Wprowadzeniu, główną zasadą gospodarowania na obszarach Natura 2000 jest zakaz podejmowania działań mogących znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000. Są to działania prowadzące do pogarszania stanu siedlisk przyrodniczych lub siedlisk gatunków roślin i zwierząt, albo zagrażające populacjom gatunków, dla których ochrony został wyznaczony obszar Natura 2000. Zabroniona jest także fragmentacja obszaru Natura 2000 i jego powiązań z innymi obszarami (zasadę tą sformułowano w art. 33 ustawy o ochronie przyrody). To oznacza, że nie wolno przerywać ciągłości układów przyrodniczych wewnątrz obszarów Natura 2000 poprzez przecinanie ich np. dużymi inwestycjami infrastrukturalnymi, ani przerywać ważnych powiązań pomiędzy obszarami poprzez przecinanie łączących je dolin rzecznych czy kompleksów leśnych tworzących korytarze ekologiczne. By wiedzieć, jakie działania mogą stan siedlisk i gatunków pogarszać, trzeba dokonywać ocen i analiz indywidualnie w odniesieniu do każdego obszaru Natura 2000, a w jego obrębie – w odniesieniu do poszczególnych siedlisk i gatunków chronionych. Każdy z tych obszarów jest bowiem inny, zarówno pod względem fizjograficznym (położenie, formy terenu, pokrycie terenu, warunki glebowe, wodne i klimatyczne), różne też występują w każdym z nich siedliska i gatunki, różne są: ich stan, unikatowość, rola w zachowaniu gatunków i siedlisk w Europie i w danym kraju – a więc i ich waga jako elementów sieci Natura 2000.
Mówiąc o zagrożeniach dla przyrody obszarów Natura 2000 i planując działania ochronne przeciwdziałające zagrożeniom lub minimalizujące ich skutki, trzeba zacząć od odpowiedzi na takie pytania: Co traktuje się jako zagrożenia, a co jako reakcje na nie? W jakich przypadkach są to poważne – czyli znaczące – zagrożenia, a w jakich nie? (Więcej na te tematy napisano w e-szkoleniu 7 „Plany ochrony obszarów Natura 2000”)
Przyjęto traktować jako zagrożenia dla przyrody obszarów Natura 2000 działania wpływające negatywnie na stan siedlisk i gatunków chronionych w ramach sieci. Niekorzystne zmiany tego stanu uważa się za reakcję na zagrożenia. Działania wpływające negatywnie na przyrodę obszarów Natura 2000 są związane z aktywnością gospodarczą człowieka oraz z zagospodarowaniem i użytkowaniem przestrzeni.
W odniesieniu do siedlisk przyrodniczych ocenia się przede wszystkim, czy stan ich ochrony jest „właściwy”. Za właściwy, zgodnie z dyrektywą „siedliskową”, uznaje się stan, w którym:
- naturalny zasięg siedliska jest stały lub się powiększa
- siedlisko zachowuje specyficzną strukturę i funkcje konieczne dla jego trwania w dłuższej perspektywie czasowej i można przypuszczać, że zachowa je w dającej się przewidzieć przyszłości
- stan ochrony gatunków typowych dla siedliska również jest właściwy (co będzie wyjaśnione poniżej)
Tak więc niekorzystne reakcje siedlisk na zagrożenia, powodujące, że stan ochrony siedlisk (zarówno siedlisk przyrodniczych, jak i siedlisk gatunków) nie będzie „właściwy”, mogą prowadzić np. do:
- całkowitego zaniku danego siedliska na danym obszarze Natura 2000, np. poprzez przekształcenie siedliska jednego typu w siedlisko innego typu
- zmniejszenia się przestrzennego zasięgu danego typu siedliska
- pogorszenia się stanu siedliska, jego fragmentacji (dzielenia na małe rozdzielone płaty) lub utrzymywania się go w obecnym stanie, oddalonym od optymalnego
- zaburzenia mechanizmów długofalowego funkcjonowania ekosystemu, co grozi jego zanikiem w przyszłości
- zagrożenia wyginięciem lub znacznym pogorszeniem stanu występujących na danym obszarze roślin lub zwierząt gatunków charakterystycznych i wyróżniających dane siedlisko na danym terenie, co w konsekwencji będzie prowadzić do niekorzystnych zmian samego siedliska – a więc do jego degradacji
Ocenia się także, czy „właściwy” jest stan ochrony gatunków. Jest on właściwy, zgodnie z dyrektywą „siedliskową”, gdy:
- dynamika populacji gatunku wskazuje na jego żywotność i szansę utrzymania się w biocenozie przez dłuższy czas
- naturalny zasięg gatunku nie zmniejszy się w przewidywalnej przyszłości
- istnieje i prawdopodobnie będzie istnieć siedlisko wystarczająco duże, by utrzymać (wyżywić) populację gatunku w dłuższej perspektywie czasowej
Ocenia się więc, czy reakcje populacji poszczególnych gatunków na zagrożenia nie będą prowadzić np. do:
- całkowitego wyginięcia gatunku na danym obszarze, co może również spowodować znaczące zmniejszenie się zasięgu jego występowania
- nagłej lub stopniowej śmierci wielu osobników określonego gatunku, co będzie skutkować dużymi zakłóceniami w funkcjonowaniu populacji na większym obszarze
- zmniejszenia się liczby gatunków danej grupy zwierząt czy roślin na danym obszarze, a więc do zmniejszenia się jego różnorodności biologicznej
- spadku liczebności populacji określonego gatunku lub utrzymywania się jego populacji w stanie oddalonym od optymalnego (czyli stanie obecnym)
Wrażliwość gatunków i siedlisk na zmiany fizycznych cech środowiska jest różna. Jedne reagują na duże ich zmiany, inne – nawet na zmiany niewielkie; reakcje mogą być gwałtowne i okazać się fatalne w skutkach.
Ważne jest więc, by określać wrażliwość każdego gatunku i siedliska przyrodniczego na zagrożenia w odniesieniu do konkretnego obszaru (czyli w skali lokalnej), a nie teoretycznie. Dokonuje się tego w trakcie prac nad planami zadań ochronnych lub planami ochrony. Oceniając te zagrożenia, określa się prawdopodobne przyszłe zmiany natężenia tych zagrożeń oraz ich wartości progowe, a więc takie, których przekroczenie uniemożliwia zachowanie „właściwego stanu ochrony” wymaganego przez dyrektywę „siedliskową”.
Na obszarze Polski zdecydowana większość siedlisk potencjalnych (takich, które występowałyby, gdyby nie działalność człowieka) to lasy; pokrywały one bowiem znaczną większość powierzchni naszego kraju w przeszłości. A zatem prawie wszystkie lądowe zbiorowiska nieleśne są zbiorowiskami nietrwałymi, o szybko zmieniających się granicach i strukturze. Siedliska leśne charakteryzuje większa stabilność.
Wiele typów ekosystemów cechuje duża wrażliwość i niestabilność. Szczególnie wrażliwe na zmiany są siedliska obszarów wodno-błotnych. Reagują one bardzo mocno na obniżanie poziomu wód gruntowych: zmienia się skład gatunkowy roślinności i ogólny stan ich równowagi (stają się niestabilne), a to z kolei prowadzi do utraty lub pogorszenia warunków bytowania zwierząt, m.in. ptaków. Również otwarte ekosystemy ciepłolubne (kserotermiczne) i ekosystemy wybrzeży morskich są bardzo nietrwałe i wrażliwe na zmiany fizycznych cech ich siedlisk.
Ze względu na tę wrażliwość siedlisk oraz naturalne przemiany w nich zachodzące (sukcesję), ochronie w ramach sieci Natura 2000 poddaje się – gdy tylko można – duże kompleksy siedlisk lub tereny, na których występuje albo większa ilość mniejszych płatów siedlisk, które mają być chronione, albo mozaika różnych ich typów. W ten sposób unika się sytuacji, w których przedmiot ochrony „ucieka” z obszaru Natura 2000. Wyznaczanie większych kompleksów przyrodniczych jest też często potrzebne ze względu na wymagania życiowe niektórych zwierząt – np. dużych drapieżników czy ssaków roślinożernych – zdobywających pożywienie na dużych powierzchniach i wędrujących na mniejsze lub większe odległości. W obrębie większych obszarów Natura 2000 określone wymogi ochronne są przestrzennie zróżnicowane, podobnie jak potrzeby czynnej ochrony ich walorów przyrodniczych.
Oceniając przyszły stan siedlisk dolin rzecznych trzeba się liczyć z tym, że w sposób naturalny zachodzić będą zmiany położenia i wielkości poszczególnych płatów siedlisk i ich typów. Ich rozmieszczenie jest zależne od oddziaływania rzeki i naturalnych procesów sukcesji, a te są zmienne w czasie, zależą od reżimu rzeki związanego ze zmiennością zjawisk hydrologiczno-klimatycznych.