E-szkolenie na temat zagrożeń dla przyrody obszarów Natura 2000 stanowi uzupełnienie e-szkoleń zamieszczonych na portalu „Natura 2000 a turystyka” – przede wszystkim dwóch z nich: E-2 „Sieć obszarów Natura 2000 w Polsce” oraz E-9 „Zrównoważony rozwój obszarów Natura 2000”, ale też w dużym stopniu trzech nowych e-szkoleń: E-4 „Obszary wodne w sieci Natura 2000 – Natura 2000 na wodzie, pod wodą i nad wodą”, E-7 „Plany ochrony obszarów Natura 2000” i E-8 „Natura 2000 w ocenach oddziaływania na środowisko”. Jego celem jest przedstawienie wrażliwości przyrody obszarów Natura 2000 oraz szerokiego wachlarza zagrożeń dla tych obszarów, a więc działań lub sytuacji, które mogą negatywnie wpływać na stan ich walorów przyrodniczych. Zagrożenia powinny być uważnie śledzone i w miarę możliwości eliminowane lub minimalizowane, aby nie zagrażały przyrodzie tych obszarów. Ze względu na tematykę portalu, najszerzej omówiono zagrożenia dla środowiska przyrodniczego generowane przez turystykę. Nie oznacza to sugestii, że to turystyka stwarza największe zagrożenia, a jedynie to, że turystyka również może powodować takie zagrożenia, w związku z tym jej planowanie i uprawianie musi uwzględniać specyfikę obszarów Natura 2000 – cele ich utworzenia i zasady gospodarowania w ich obrębie oraz w ich sąsiedztwie. Jest to szczególnie ważne dlatego, że turystyka jest (lub może być) jedną z najważniejszych dziedzin gospodarki w regionach, w których istnieją obszary Natura 2000.
Stan elementów przyrody, dla których ochrony są powoływane obszary Natura 2000 będzie systematycznie monitorowany (więcej: w e-szkoleniu 2), a zatem kontrolowane będzie, czy stan ten nie ulega pogorszeniu. W stosunku do obszarów Natura 2000 nie sformułowano listy działań niedopuszczalnych, jak w stosunku do innych form ochrony przyrody. Przyjęto jedynie zasadę ogólną, że zabrania się podejmowania działań mogących znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000. Trzeba więc wiedzieć, co może być traktowane jako te znaczące zagrożenia, których należy unikać, oraz co należy zrobić, by minimalizować zagrożenia.