Planując ochronę obszarów Natura 2000, a także rozważając podjęcie jakichś działań, które mogłyby negatywnie wpływać na ich przyrodę, należy rozważyć następujące wątpliwości: Jakie jest prawdopodobieństwo wystąpienia zagrożeń? Czy zagrożenia mają charakter bezpośredni, czy pośredni w stosunku do przedmiotów ochrony? Czy są to zagrożenia antropogeniczne, czy naturalne?
Na wielu obszarach Natura 2000 prowadzona jest działalność gospodarcza należąca do różnych sektorów, więc zagrożenia dla siedlisk i gatunków chronionych w sieci Natura 2000 już występują. Ważna jest zatem ocena możliwego oddziaływania tych zagrożeń w przyszłości, podobnie jak prognoza wystąpienia nowych zagrożeń. Mogą się one pojawić na skutek intensyfikacji obecnej działalności na danym obszarze i w jego otoczeniu oraz na skutek nowej działalności (np. już planowanej), której podejmowanie na takich terenach może być spodziewane.
Reakcja osobników danego gatunku czy reakcja całego ekosystemu zależy nie tylko od bezpośredniego oddziaływania na nie czynników szkodliwych, ale też od oddziaływania pośredniego, a więc takiego, które prowadzi do zmian siedlisk i cech fizycznych środowiska. Te oddziaływania, przede wszystkim antropogeniczne, powodują bowiem zmiany stosunków wodnych i klimatycznych oraz jakości gleb, czyli podstawowych, istotnych dla organizmów żywych składników środowiska. Skutkami takich zmian są zanikanie i zmiany siedlisk bądź przekształcanie się ich w inne. To z kolei jest przyczyną utraty przestrzeni życiowej albo pogarszania się warunków życia organizmów, w tym możliwości zdobywania pożywienia i wody.
Nie tylko zagrożenia wywoływane działalnością człowieka mogą wywierać wpływ na szanse przetrwania siedlisk i gatunków. Także zanik takiej działalności i uruchomienie się procesów naturalnych wpływa negatywnie na konkretne siedliska (np. poprzez zjawisko sukcesji). Podobnie oddziałują gwałtowne zjawiska przyrodnicze (np. huragany czy powodzie), ponieważ mogą spowodować zanik siedlisk i gatunków, które nie zawsze w sposób naturalny się odtworzą, w każdym razie w dającej się przewidzieć perspektywie czasowej.
Do oceny zagrożeń dla przyrody obszarów Natura 2000, poza wiedzą o wrażliwości na zmiany poszczególnych gatunków lub większych ich grup systematycznych i określonych siedlisk (co jest specjalnością przyrodników), potrzebna jest też dobra znajomość charakteru obszaru, sposobu jego użytkowania i zagospodarowania oraz możliwych przyszłych ich zmian na danym obszarze.
Istotne zagrożenia dla siedlisk i gatunków można przewidzieć już teraz. Podstawą przewidywań są występujące obecnie trendy zmian w zagospodarowaniu przestrzennym i gospodarce rolnej oraz obecna działalność szkodliwa dla siedlisk. Do takiej działalności należą:
- dzisiejsza gospodarka leśna, rolna, rybacka, łowiecka
- nieodpowiednio prowadzone gospodarowanie wodą i ochrona przeciwpowodziowa
- przerywanie korytarzy ekologicznych umożliwiających trwanie populacji o dużych zasięgach przez liniowe inwestycje infrastrukturalne (drogi, gazociągi, linie energetyczne)
- rozprzestrzenianie się obszarów zabudowanych i zainwestowanych w strefach podmiejskich
Przykładowe zagrożenia dla siedlisk wymieniono w tabeli [zobacz dokument PDF].
Zagrożenia dla roślin i zwierząt są bardzo podobne do zagrożeń dla siedlisk [zobacz dokument PDF].
Zakładając harmonijną koegzystencję człowieka i przyrody na obszarach Natura 2000 i porównując doraźne korzyści ekonomiczne z negatywnymi oddziaływaniami na przyrodę, trzeba przyznawać pierwszeństwo interesom przyrody. Przemawiają za tym nie tylko względy prawne, ale i konieczność zachowania dziedzictwa przyrodniczego dla następnych pokoleń. Na Polsce ciąży szczególna odpowiedzialność za wiele walorów przyrodniczych, które w krajach Europy Zachodniej już dawno zniszczono w wyniku zbyt intensywnego gospodarowania, nieuwzględniającego wrażliwości siedlisk i gatunków.