Ocenie oddziaływania na przyrodę obszaru Natura 2000 powinien podlegać każdy projekt dokumentu strategicznego oraz każde planowane przedsięwzięcie i działanie, jeśli może znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000. Zgodnie z zasadą przezorności, taka ocena powinna być przeprowadzona wtedy, gdy nie da się racjonalnie i merytorycznie wykluczyć ryzyka znaczącego oddziaływania na obszar Natura 2000.
Kluczową rolę pełni zatem etap kwalifikacji planu lub przedsięwzięcia pod kątem ryzyka wystąpienia takiego oddziaływania. Jest to niekiedy o tyle trudne, że oddziaływanie może mieć charakter wtórny, długoterminowy i skumulowany. Tę kwestię obrazuje przykład z życia wzięty.
Na półwyspie jeziora podlegającego prawnej ochronie (m.in. obszar Natura 2000) powstaje kilka samowoli budowlanych, co jest w zasadzie często występującym problemem. Możliwość ich zalegalizowania przez służby nadzoru budowlanego zależy od doprowadzenia do tych samowoli linii elektroenergetycznej, wodociągu i kanalizacji. Gmina podejmuje się budowy takiej infrastruktury i wszczyna stosowne postępowanie administracyjne, którego przedmiotem jest uzyskanie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach (niezbędnej do późniejszego uzyskania pozwolenia na budowę). Pierwszym etapem procedury jest rozstrzygnięcie, czy planowane przedsięwzięcie może znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000. Na pierwszy rzut oka może się wydawać, że nie ma wielkiej potrzeby przeprowadzania oceny dla tej zaledwie dwukilometrowej inwestycji, i to poza obszarem Natura 2000, a zatem nienaruszającej stanowisk gatunków chronionych. Jednak w wyniku doprowadzenia wodociągów, kanalizacji i linii elektroenergetycznej dojdzie do zalegalizowania samowoli budowlanych, a ich eksploatacja będzie przyczyną takich oddziaływań, jak: hałas, emisja dymów z grilli i ognisk, ruch motorowodny czy inne formy płoszenia zwierząt. W konsekwencji, zajmując się samą infrastrukturą techniczną, należy popatrzeć na długoterminowe skutki o charakterze wtórnym, które będą wynikać z istnienia przedsięwzięcia. Przyjęcie takiej perspektywy ukazuje, że przeprowadzenie oceny oddziaływania na obszar Natura 2000 jest potrzebne, gdyż w wyniku realizacji przedsięwzięcia mogą wystąpić znaczące oddziaływania na przyrodę.
Inny przykład, z jednego z polskich miast, bezpośrednio związany z wymaganiami ramowej dyrektywy wodnej oraz obszarów Natura 2000: planowane przedsięwzięcie obejmuje zabudowę sportową i handlowo-usługową wraz z towarzyszącymi jej układem drogowym i parkingami, co łącznie zajmuje kilkaset dotychczas niezagospodarowanych hektarów. Przedsięwzięcie jest zlokalizowane w odległości 1–1,5 km od granicy obszaru Natura 2000. Przedmiotem ochrony są w nim siedliska przyrodnicze bezpośrednio zależne od wód rzeki o stosunkowo niewielkim przepływie. To do niej mają być wprowadzane wody opadowe i roztopowe z terenu inwestycji, a będzie ich znacznie więcej niż wynosił dotychczasowy spływ z niezagospodarowanego, nieutwardzonego, niezanieczyszczonego i nieskanalizowanego dotychczas terenu. Tak więc samo odprowadzanie zanieczyszczonych wód może wpłynąć na przedmiot ochrony obszaru Natura 2000; dlatego przedsięwzięcie wymaga przeprowadzenia stosownej oceny oddziaływania.
Problematyczne mogą być nawet mniejsze inwestycje, które same w sobie nie stanowiłyby istotnego zagrożenia dla przyrody. Kiedy jednak tych małych inwestycji jest 20, to wtedy mamy już do czynienia z poważniejszym zagrożeniem środowiskowym, które powinno być poddane ocenie oddziaływania właśnie z powodu skumulowanego wpływu na środowisko.
Odstąpienie od oceny oddziaływania na obszar Natura 2000 wymaga uzasadnienia merytorycznego. W stosownym postanowieniu organu administracji powinno się znaleźć solidne uzasadnienie, odnoszące się do kryteriów wynikających z wielkości i charakterystyki przedsięwzięcia oraz jego przewidywanych oddziaływań na środowisko.
Z drugiej strony, złą praktyką jest „szastanie” obowiązkiem przeprowadzenia oceny oddziaływania na obszar Natura 2000 (czy też w ogóle OOŚ) dla małych przedsięwzięć, co niekiedy jest praktykowane przez organy administracji. Niektóre urzędy w ten sposób skutecznie zniechęciły mieszkańców do idei ochrony obszarów Natura 2000. Jeżeli bowiem w danej gminie nakłada się obowiązek przeprowadzenia kilkudziesięciu raportów OOŚ dla odrębnych „drobnych” przedsięwzięć (budowa garażu, domku, oczka wodnego, w skrajnych przypadkach – wymiana dachu czy budowa przyłącza kanalizacyjnego), to zasadne jest postawienie pytania: Czy nie lepiej byłoby przeprowadzić jedną solidną strategiczną OOŚ dla całego terenu objętego kilkudziesięcioma drobnymi inwestycjami? Stowarzyszenie Pracownia na rzecz Wszystkich Istot już kilka lat temu wydało skierowany do gmin poradnik Kwalifikowanie przedsięwzięć do oceny oddziaływania na środowisko (http://pracownia.org.pl/pliki/raport_kwalifikowanie_przedsiewziec_2008.pdf), w którym zawarło wskazówki dla samorządów dotyczące kwalifikacji przedsięwzięć do procedury OOŚ. Warto również podkreślić, że można wyeliminować ryzyko istotnego negatywnego oddziaływania na obszar Natura 2000 poprzez postawienie odpowiednich warunków w decyzji administracyjnej (np. w pozwoleniu na budowę czy decyzji o warunkach zabudowy), i nie zawsze musi temu towarzyszyć pełna procedura OOŚ.