Można się spodziewać, że tworzenie sieci Natura 2000 spowoduje pojawienie się wielu konfliktów. Podłożem niektórych będzie brak dostatecznej wiedzy i świadomości o wymogach ochronnych tych nowych form ochrony. Dotyczy to zarówno wielu decydentów (tych, którzy nie są bezpośrednio związani z ochroną przyrody), jak i przedstawicieli społeczeństwa – w tym inwestorów, rolników, leśników (choć prawdopodobnie w mniejszym stopniu), rybaków, mieszkańców, turystów.

Można wymienić kilka kategorii konfliktów, które będą miały podłoże prawne lub wynikną z dotychczasowej praktyki planistycznej oraz praktyki przygotowywania i oceniania inwestycji. Najważniejszymi konfliktami będą zapewne:

• Konflikty rodzące się na tle niezgodności przygotowanych wcześniej planów i strategii sektorowych (nawet związanych z dziedziną ochrony środowiska) z wymogami ochrony obszarów Natura 2000. Takie dokumenty są na ogół podstawą projektowania inwestycji, których wstępną lokalizację już ustalono. W przypadku nieuwzględnienia kwestii związanych z siecią Natura 2000 (lokalizacji obszarów i wymogów ich ochrony) realizacja tych inwestycji będzie wywoływać konflikty. Dotyczy to m.in. przygotowywanych w skali regionalnej i lokalnej planów: pozyskiwania kopalin, oczyszczania ścieków, gospodarki odpadami, zarządzania dorzeczami, gospodarki leśnej. W celu uniknięcia konfliktów wszystkie powinny zostać zweryfikowane tak, by uwzględniać istnienie w Polsce sieci Natura 2000.
• Konflikty wynikające z niezgodności zatwierdzonych miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego (stanowiących prawo lokalne) oraz studiów uwarunkowań i kierunków rozwoju gmin z wymogami ochrony obszarów Natura 2000, ze względu na ich nieuwzględnienie i ze względu na dużą rangę samorządności samorządów lokalnych. Prawdopodobne są spory prawne, w których nadrzędność jednych przepisów prawnych nad innymi będą rozstrzygać sądy.
• Konflikty rodzące się w momencie przyznawania środków (w dużym stopniu środków UE) w czasie realizacji regionalnych programów operacyjnych. Wiele inwestycji, na które przyznano środki bez dostatecznego uwzględnienia sieci Natura 2000 może je stracić, a więc nie uzyska zwrotu poniesionych kosztów.
• Konflikty w strefach urbanizujących się, między miastami a otaczającymi je gminami wiejskimi, w tym konflikty związane z potrzebami ochrony obszarów Natura 2000, nieuwzględnionymi wcześniej w planach zagospodarowania.
• Konflikty wynikające z nieodpowiedniej praktyki wyłaniania i oceniania wariantów projektowanych inwestycji (przede wszystkim drogowych) z punktu widzenia ich potencjalnych skutków dla przyrody obszarów Natura 2000.
• Konflikty na tle niezgodności zapisów obowiązujących planów ochrony parków krajobrazowych z potrzebami ochrony sieci obszarów Natura 2000, do czasu  nowelizacji prawa pod kątem uwzględniania wymogów tej sieci.

poprzedni rozdział | następny rozdział