Sposoby gospodarowania oraz zagospodarowanie przestrzeni na obszarach Natura 2000 muszą być dostosowane do wrażliwości siedlisk i gatunków, które w ich obrębie występują i były podstawą do zaliczenia tych obszarów do sieci Natura 2000. Trzeba eliminować zagrożenia, które mogłyby powodować pogorszenie warunków ich funkcjonowania. Te zagrożenia wymieniono w rozdz. 4. Znaczna część obszarów Natura 2000 nie wymaga jednak ostrych reżimów ochronnych – takich jak w rezerwatach czy parkach narodowych. Na większości z nich podstawowym wymogiem jest niezmienianie dotychczasowych funkcji oraz niepogarszanie obecnego stanu siedlisk w sposób znaczący – czyli oparcie rozwoju na zasadach zrównoważonego rozwoju, uwzględnianie uwarunkowań przyrodniczych w przypadkach wprowadzania nowych funkcji gospodarczych i lokalizacji inwestycji, albo wręcz wykorzystywanie tych uwarunkowań do wyznaczania nowych kierunków rozwoju.
Szczegółowe działania jakie mają być podejmowane dla ochrony siedlisk i gatunków, dla których wyznaczany jest obszar Natura 2000 zapisywane będą w planach zadań ochronnych i planach ochrony – zakres tych planów ustalony został poprzez dwa rozporządzenia Ministra Środowiska: z lutego 2010 r. w sprawie sporządzania projektu planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 i z marca 2010 r. w sprawie sporządzania projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000. Podano w nich, że w ramach prac nad tymi planami przede wszystkim powinny zostać ustalone dla poszczególnych obszarów:
- stan ochrony występujących tam podmiotów ochrony
- istniejące i potencjalne istotne dla nich zagrożenia
- cele działań ochronnych oraz
- same działania ochronne – i to w sposób umożliwiający ich monitorowanie oraz ocenę ich skuteczności oraz ewentualną ich weryfikację
Procesy tworzenia tych planów mają być uspołecznione – odpowiedzialni za ich przygotowanie muszą zidentyfikować zainteresowane osoby i podmioty prowadzące działalność w obrębie siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, dla których ochrony wyznaczono obszar i umożliwić im udział w dyskusjach podczas przygotowywania tych planów.
Wprowadzenie w życie ustaleń i zaleceń zapisanych w planach przyczyni się do eliminacji wielu zagrożeń i niekorzystnych zmian w przyrodzie powodowanych przez dotychczasową działalność, w tym sektora turystycznego.
Najważniejsze jest niedopuszczanie do fizycznego niszczenia walorów przyrodniczych i zaboru przestrzeni życiowej roślin i zwierząt oraz do takich zmian w środowisku, które będą w znaczący sposób pogarszały stan siedlisk i warunki życia roślin i zwierząt.