Zgodnie z przepisami ustawy o ochronie przyrody (art. 36) na obszarach Natura 2000 nie podlega ograniczeniu działalność związana z utrzymaniem urządzeń i obiektów służących bezpieczeństwu przeciwpowodziowemu oraz działalność gospodarcza, rolna, leśna, łowiecka i rybacka, a także amatorski połów ryb, jeżeli nie zagrażają one zachowaniu siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk roślin lub zwierząt ani nie wpływają w sposób istotny negatywnie na gatunki roślin i zwierząt, dla których ochrony został wyznaczony obszar Natura 2000. W dużej mierze zakres i możliwość prowadzania tej działalności uzależniony jest od postanowień planów zadań ochronnych lub planów ochrony, gdy takie zostały przygotowane. Natomiast prowadzenie wymienionych rodzajów działalności na obszarach Natura 2000 wchodzących w skład parków narodowych i rezerwatów przyrody jest dozwolone wyłącznie w zakresie, w jakim nie narusza to zakazów obowiązujących na tych obszarach.
Uznając, że troska o to, co dzieje się na obszarach Natura 2000, a więc dbałość o odpowiednie zarządzanie ich rozwojem, w tym przede wszystkim o sposoby gospodarowania na tych terenach, jest kluczem do ochrony walorów przyrodniczych tych obszarów, Komisja Europejska przygotowała specjalny komentarz do postanowień art. 6.4 dyrektywy „siedliskowej”. To duże opracowanie zawiera wytyczne wskazujące państwom członkowskim oraz wszystkim zainteresowanym ochroną tych obszarów, jak powinny być interpretowane postanowienia tego kluczowego artykułu i jak należy je łączyć z innymi przepisami dyrektywy. Te wytyczne mają pomóc w odpowiednim ustaleniu i stosowaniu zasad gospodarowania na obszarach Natura 2000 w poszczególnych państwach (oficjalne tłumaczenie tego opracowania, w wersji WWF Polska, jest dostępne na stronie internetowej: http://ec.europa.eu/environment/nature/natura2000/management/guidance_en.htm razem z innymi wytycznymi Komisji). Opracowanie może być bardzo pomocne dla społeczności lokalnych, organizacji ekologicznych i władz lokalnych w przypadkach wątpliwości dotyczących rzeczywistego zakresu ograniczeń odnoszących się do gospodarowania na obszarach Natura 2000, które wynikają z przepisów prawnych.
Wskazówki dotyczące zasad i sposobów bezpośredniej ochrony walorów przyrodniczych na obszarach Natura 2000 oraz informacje o możliwych zagrożeniach dla tych walorów można znaleźć w serii wydanych przez Ministerstwo Środowiska poradników przygotowanych dla różnych typów siedlisk przyrodniczych i dla różnych gatunków zwierząt i roślin. Poradniki są dostępne na portalu internetowym GDOŚ nt. Natury 2000: http://natura2000.gdos.gov.pl/natura2000/pl/poradnik.php. Są one bardzo pomocne w poznaniu najistotniejszych uwarunkowań działań na danym obszarze, dopóki nie zostaną dla niego przygotowane i zatwierdzone plany ochrony lub plany zadań ochronnych. Aby móc skorzystać z tych poradników, trzeba jednak najpierw znaleźć w oficjalnym opisie obszaru (tzw. SDF – standardowym formularzu danych) informację o tym, jakie typy siedlisk albo gatunki zadecydowały o zakwalifikowaniu danego obszaru do sieci Natura 2000 i wybrać odpowiedni tom poradnika, a w nim odszukać zapisy odnoszące się do typu siedliska lub gatunku.