Wody i inne ekosystemy mokradłowe (czyli zależne od wody – bagna, tereny zalewowe, podmokliska itp.), odgrywają dużą rolę w zachowaniu różnorodności biologicznej w Polsce, a także w realizacji celów, dla których utworzono sieć Natura 2000. Nie ma ochrony przyrody bez skutecznej ochrony ekosystemów wodnych i wodno-błotnych.
Polskie zasoby przyrodnicze ekosystemów mokradłowych są silnie zniszczone lub zagrożone, ale pozostają bardzo ważne w skali Europy; dlatego potrzebna jest ich troskliwa ochrona. Oznacza to, że jest bardzo wiele do zrobienia oraz że ich ochrona powinna być wyrazem naszej odpowiedzialności za dziedzictwo przyrodnicze Europy.
Ekosystemy wodne i zależne od wody zajmują w Polsce 4,4 mln ha (ok. 14% powierzchni kraju). Spośród 68 typów chronionych siedlisk przyrodniczych o znaczeniu europejskim (dla których wyznacza się m.in. obszary Natura 2000) występujących w kontynentalnym regionie biogeograficznym (obejmującym Polskę z wyjątkiem Karpat) niemal połowa – bo aż 33 typy – to siedliska wodne i od wody zależne. Stopień zagrożenia wodnych i mokradłowych siedlisk przyrodniczych (ekosystemów) jest u nas wysoki: zasoby aż 27 z tych 33 siedlisk charakteryzuje niekorzystny lub zły stan ochrony! Na „czerwonej liście” biotopów, opracowanej jak dotąd tylko dla Bałtyku i obszaru przybałtyckiego, za zagrożone uznano większość przybrzeżnych ekosystemów morskich i przymorskich. Niektóre z nich – np. łąki podmorskie, słonolubne (halofilne) szuwary i pastwiska nadmorskie – należą do najsilniej zagrożonych i najszybciej ginących ekosystemów Polski.
Z drugiej strony, w Polsce występują największe lub jedne z największych w Europie zasobów niektórych typów cennych siedlisk przyrodniczych. Znaczny wkład w różnorodność przyrodniczą Europy stanowią polskie zasoby torfowisk – szczególnie torfowisk niskich, a zwłaszcza alkalicznych torfowisk przepływowych, lasów łęgowych, ekosystemów jeziornych oraz jednych z ostatnich w Unii Europejskiej dużych nieuregulowanych rzek.
Na czerwonej liście roślin naczyniowych Polski, liczącej 504 gatunki, znajduje się aż ok. 150 gatunków roślin, dla których zmiany stosunków wodnych stanowią istotne zagrożenie. Ponadto duży jest udział roślin wodnych wśród gatunków, które w Polsce już wymarły. Czerwona lista glonów zawiera ponad 500 występujących w Polsce gatunków. Specjaliści podkreślają ogromne zmiany zagrażające glonom wszystkich praktycznie akwenów w Polsce. Również na czerwonej liście mchów licznie reprezentowane są gatunki typowe dla torfowisk, w tym wiele gatunków torfowców. Spośród 42 gatunków roślin o znaczeniu europejskim wymienionych w załącznikach II, IV lub V dyrektywy siedliskowej UE, a występujących w kontynentalnym regionie biogeograficznym, blisko połowa, bo aż 18 gatunków, jest związana z ekosystemami wodnymi lub zależnymi od wody. Spośród nich zaledwie dwa charakteryzują się korzystnym stanem ochrony – stan pozostałych jest niekorzystny lub zły.
Mimo złego stanu zasobów niektórych gatunków silnie zagrożonych w skali Europy, Polska wciąż ma istotne znaczenie dla ich populacji europejskiej (przykłady to skalnica torfowiskowa i lipiennik Loesela).
W śródlądowych wodach Polski bytuje 58 rodzimych gatunków ryb i minogów. Według listy zagrożonych gatunków Polski, przetrwanie ponad 50% rodzimych ich gatunków w dorzeczach Odry i Wisły zależy od ochrony – bez niej są one narażone na wyginięcie. Ze względu na przegrodzenie budowlami hydrotechnicznymi historycznych szlaków migracji zagrożone są zwłaszcza gatunki ryb dwuśrodowiskowych oraz ryb jednośrodowiskowych daleko wędrujących. Ponadto na zły stan ichtiofauny wpływa występowanie zawleczonych do naszych wód aż 32 gatunków obcych.
Analiza trendów zmian liczebności populacji 234 gatunków ptaków lęgowych w kraju w latach 90. XX wieku wykazała, że gatunki związane z zalewowymi łąkami w dolinach zmniejszyły liczebność o 8%, podczas gdy gatunki związane ze zbiornikami wodnymi wykazywały wzrost o 12%. Kilka gatunków ptaków lęgowych związanych z zalewowymi dolinami rzek znalazło się na krawędzi wymarcia; są to: batalion, biegus zmienny, błotniak zbożowy, rożeniec. Jako jedną z przyczyn ich wymierania wymienia się redukcję wielkości i czasu trwania wiosennych zalewów w dolinach.
Z drugiej strony mamy takie gatunki jak wydra czy bóbr, rzadkie i ginące w Europie Zachodniej, a stosunkowo liczne w naszych wodach.